انتخاب رشته یکی از مهم ترین مراحل پذیرش دانشجو در کنکور کارشناسی ارشد می باشد که باید به صورت اصولی و دقیق انجام شود . از این رو داوطلبان مجاز به انتخاب رشته کارشناسی ارشد ۹۹ می بایست وضعیت علمی خود را مورد بررسی قرار داده و پس از تحلیل کارنامه کارشناسی ارشد به اولویت بندی رشته محل های مورد علاقه بپردازند . گفتنی است با وجود ادغام ثبت نام کارشناسی ارشد سراسری و دانشگاه آزاد تغییری در روند انتخاب رشته داوطلبان صورت نگرفته و این مرحله برای متقاضیان دانشگاه های سراسری و دانشگاه آزاد به صورت مجزا انجام می شود . بنابراین کلیه داوطلبانی که بر اساس اعلام نتایج اولیه کارشناسی ارشد ۹۹ مجاز به انتخاب رشته محل های دانشگاه های سراسری اعم از روزانه ، نوبت دوم ( شبانه ) ، پیام نور ، غیرانتفاعی و پردیس خودگردان شده اند با مراجعه به سایت سازمان سنجش می توانند به چینش انتخاب های خود بپردازند .