داوطلبان مجاز به انتخاب رشته دکتری دانشگاه آزاد 99 به منظور شرکت در این مرحله ملزم به پرداخت هزینه ای تحت عنوان خرید کارت اعتباری دکتری دانشگاه آزاد 99 هستند . هر داوطلب با خرید کارت اعتباری دکتری دانشگاه آزاد امکان انتخاب حداکثر 80 کدرشته محل متناسب با مجموعه امتحانی خود را دارد . طبق روال سالیان گذشته تمامی مراحل انتخاب رشته دکتری دانشگاه آزاد به صورت مجزا و از طریق سایت azmoon.org انجام می شود . از این رو پرداخت هزینه انتخاب رشته دکتری دانشگاه آزاد ۹۹ نیز با مراجعه به این سایت و با استفاده از یکی از کارت های بانکی عضو شبکه شتاب امکان پذیر خواهد بود .
